Le Rectorat est l’organe administratif et exécutif de l’université Marien Ngouabi. Il comprend le Recteur, deux Vice-recteurs et le Secrétaire général, tous nommés par décret présidentiel en Conseil des ministres sur proposition du ministre en charge de l’enseignement supérieur. Le rectorat comporte également 12 directions centrales rattachées aux deux Vice-recteurs et au Secrétaire général.
Le Recteur
Choisi parmi les enseignants permanents du grade de professeur, le Recteur dirige l’administration de l’université Marien Ngouabi. Il est notamment chargé de mettre en œuvre la politique de formation et de recherche de l’Université, d’exécuter les délibérations du Comité de direction et d’exercer les pouvoirs hiérarchique, disciplinaire et de notation sur l’ensemble du personnel de l’Université. Le Recteur dispose d’un cabinet dirigé par un enseignant permanent de l’Université ayant rang et prérogatives de directeur central. Le Recteur est assisté de deux Vice-recteurs et d’un Secrétaire général. Il a également sous son autorité directe l’Agent comptable de l’université Marien N'Gouabi qui a rang et prérogatives de directeur central.
Les Vice-recteurs
Deux Vice-recteurs assistent le Recteur dans l’administration de l’Université : le Vice-recteur chargé des affaires académiques et le Vice-recteur chargé de la recherche et de la coopération. Ils sont choisis parmi les enseignants permanents de rang magistral. Ils disposent chacun d’un cabinet dirigé par un enseignant permanent de l’Université ayant rang et prérogatives de directeur central.
Le Vice-recteur chargé des affaires académiques assiste le Recteur dans le domaine pédagogique. Il applique et exécute les délibérations du Comité de direction et les conclusions du Conseil technique relatives aux affaires académiques. Il a sous son autorité directe trois directions centrales et deux centres.
Le Vice-recteur chargé de la recherche et de la coopération assiste le Recteur dans le domaine de la recherche et de la coopération. Il applique et exécute les délibérations du Comité de direction et les conclusions du Conseil technique relatives à la recherche et à la coopération. Il a sous son autorité directe quatre directions centrales.
Le Secrétaire général
Le Secrétaire général est chargé d’assister le Recteur dans la gestion administrative et financière de l’Université. Il est choisi parmi les enseignants permanents ou les cadres de la catégorie I, échelle 1 des services administratifs et financiers de l’Université. Le secrétaire général a sous son autorité directe cinq directions centrales.