L’organisation de l’université Marien N'Gouabi est régie par le statut de 2012 et le décret portant réorganisation de l’UMNG de 2013. Cette organisation comporte 4 niveaux administratifs : les organes de délibérations, le rectorat, les établissements et les organes consultatifs.

L’UMNG est dirigée par le Recteur qui est choisi parmi les enseignants permanents du grade de professeur. Depuis août 2016 ce poste est tenu par le Professeur Jean-Rosaire Ibara. Le Recteur est assisté par deux Vice-recteurs et un Secrétaire général. Le premier Vice-recteur est chargé des affaires académiques tandis que le second est chargé de la recherche et des relations internationales. Le Secrétaire général est chargé d’assister le Recteur dans la gestion administrative et financière de l’université. Le Recteur, les deux Vice-recteurs et le Secrétaire général disposent, outre leurs cabinets respectifs, de directions centrales qui sont des services spécialisés de l’administration rectorale.